そのまま廃棄することは非常に危険です。
元の水溶液中の細菌が数個だったとしても、目に見えるように培養したものは
数億個～数百億個になっています。数個では問題のない細菌も数が多いと病気の元
となる可能性があり、基本的にはオートクレーブなどを使い滅菌することが必要です。
それができない場合はフタ付きのバケツなどの容器に消毒薬を入れ、最低１晩程度
浸けておく方法をお勧めします。
アルコール消毒では対応できない菌が多いので、お勧めは塩素系消毒薬です。
消毒、滅菌後は産業廃棄物として処分してください。