どちらでもシール可能ですが、厚めのもの、マチのあるものは紙面を上にした方がより確実です。
また通常品でも紙面を上にした方がシール時間は短くなります。
ヒーターが下側（本体側）にありビニール面が下側の方が加熱効率が良いためです。