真空乾燥器では、空気がほとんどないため、熱伝達や空気対流がほとんど行われず、庫内の温度を均一に保つことが難しくなります。
加熱は主に輻射および接触による熱伝達によって行われるため、庫内の温度にムラが生じやすくなります。
加熱方法や被加熱物の配置を工夫することで、ある程度の温度均一性を確保することは可能ですが、完全に均一な温度を得るのは困難です。