ＥＯＧガスは非常に毒性が高く、環境汚染や、自身の可燃性の高さもあって、最近は徐々に使用されなくなっています。
また、ガス体のため、細いチューブ状の滅菌や、ガス吸収性のもの(スポンジのようなもの)の残存も問題があり、使用されることが少なくなっています。
上記のような内容を改善するため、最近はガンマ線や電子線滅菌が増えております。

滅菌という事に関しては差は有りません、ただし、ＥＯＧガスに比べ、若干素材に一部影響が有る場合があります。（樹脂容器の一部黄変など)