今回ご使用のメンブレンが「親水性ＰＴＦＥ」でございますので、親水処理が染色液の色素を吸着させた可能性が考えられます。
同じシリーズの疎水性である
シリンジフィルター　アズフィル　疎水性ＰＴＦＥ　0.45μｍ　φ25ｍｍ　（2-860-04）
で前処理としてアルコール（エタノールなど）を少し通して頂いた後、染色液を通す（最初は共洗いとして捨て残りを使用）という方法を試してみてください。